博士の学位を取得しました。

9月に博士の学位を取得しました。審査を担当してくださった先生方、ありがとうございました。
テーマは、RNAの構造アライメントアルゴリズムです。アライメントとは、配列の類似度を測る手法のことで、類似した配列発見や進化の解析などでバイオインフォマティクスでは必要不可欠な技術です。過去に提案されたRNAのアライメントアルゴリズムにSankoffのアルゴリズムがありましたが、O(n^6)の時間とO(n^4)のメモリーが必要で実用には耐えられませんでした。そこで、修士課程の時に、ステムの比較による高速かつ高精度な構造アライメントアルゴリズムを提案したのですが、博士課程では、それをマルチプルアライメント手法（複数本の配列を同時に比較する手法）とローカルマルチプルアライメント手法（局所的に保存されたRNAをアライメントに基づき発見する手法）へと拡張しました。そこでは、条件付き確率場などの機械学習法を使っています。加えて、逆探索法による多項式時間遅延のRNAの二次構造列挙アルゴリズムを設計しました。修士からの研究テーマを続けたので、約4年間RNAの研究を行ったことになります。