化合物グラフのアライメントソフトウェア (PACHA: Pairwise Chemical Aligner)を公開しました。

Githubからダウンロードできます。

PACHAは、2つの化合物を入力として、それらの間のアライメント出力します。アルゴリズムは去年のISMB'15のプロシーディングスにて発表した内容です。

Yoshihiro Yamanishi*, Yasuo Tabei*, Masaaki Kotera: Metabolome-scale de novo pathway reconstruction using regioisomer-sensitive graph alignments, ISMB/ECCB, 2015. (*joint first author) 論文へのリンク

化合物のアライメントや化合物のアライメントから化合物ペアーの特徴ベクトルの作成して機械学習の入力として使うことができます。応用として、代謝ネットワークの再構築やバーチャルスクリーニングに用いることができます。